Vila-sacra est située dans le centre de la région de l’Empordà, dans la province de Gérone.
La commune a une superficie de 6,02 km2. Il est délimité au nord par les termes de Figueres et Peralada, à l’est par Peralada et Fortià, au sud par Fortià et le Far d’Empordà et à l’ouest par le Far d’Empordà et de Figueres.