En 1362 la iglesia de San Onofre ya era, como hoy, una sufragania de la parroquia de Palau-saverdera. Originariamente esta capilla era un sencillo oratorio al estilo de los primitivos templos románicos. Su evolución estructural se fue modificando, reparando y agrandando a lo largo de los siglos. Durante la Guerra Civil, la ermita sufrió varias agresiones. En 1958 se realizaron las restauraciones y reconstrucciones más importantes del siglo pasado. San Onofre era un ermitaño húngaro que, según la leyenda, hizo penitencia y vida en este lugar. Quizás la construcción actual se levanta sobre alguna cavorca soterrada, origen de la tradición, algo que es posible si tenemos en cuenta el basamento rocoso del santuario.