Darnius fait partie de la région de l’Empordà, province de Gérone. Le territoire communal a une extension de 35 km² et 193 m d’altitude.
Les limites du territoire communal sont au nord avec Agullana, à l’est avec Biure, au sud avec Boadella d’Empordà et à l’ouest avec Maçanet de Cabrenys. Il comprend les quartiers d’El Barri del Pantà, le quartier d’Amunt, l’Arnera, Ricardell et le quartier de Mont-roig.
Une grande partie de la zone de Darnius est située dans le bassin de la rivière Muga et baignée par trois autres rivières : le Ricardell, le Llobregat d’Empordà et l’Arnera, qui rejoint la Muga et forme le réservoir Darnius- Boadella, où la baignade est autorisée , et diverses activités nautiques peuvent être pratiquées.