Darnius forma parte de la comarca del Empordà, provincia de Gerona. El término municipal tiene una extensión de 35 km2 y 193 m de altitud.
Los límites del término municipal se encuentran al norte con Agullana, al este con Biure, al sur con Boadella d’Empordà y al oeste con Maçanet de Cabrenys. Tiene agregados los núcleos de El Barrio del Pantano, el Vecindario de Arriba, el Arnera, Ricardell y el Vecindario de Mont-roig.
Buena parte del término de Darnius está emplazado en la cuenca del río la Muga y bañado por otros tres ríos: El Ricardell, el Llobregat de Empordà y el Arnera, que se une con la muga y forman el embalse de Darnius- Boadella, donde se permite el baño, se pueden practicar diversas actividades náuticas.