Vila-sacra està situat en el centre de la comarca de l’Empordà, en la província de Girona.
El terme municipal té una extensió de 6,02Km2.
Limita al nord amb els termes de Figueres i Peralada, a l’est amb Peralada i Fortià, al sud amb Fortià i el Far d’Empordà i a l’oest amb el Far d’Empordà i Figueres.